半導体産業技術研究所は、情報化社会の先にある高度医療保障社会に向け 予防医学やユビキタス病気早期診断を実現するために、エレクトロニクスとバイオテクノロジーを 融合する基盤技術を開発しグローバルな教育研究拠点を構築することを目的として設立されました。 研究領域はナノ集積科学、集積システム科学、分子生命情報科学、集積医科学の4つからなっています。

本研究所の前身は文部科学省の省令センターとして1986年に10年時限で設立された 集積化システム研究センターです。1996年5月にはナノデバイス・システム研究センターとして 新たな10年時限で改組設立されました。 センター設立後12年目となる2008年5月1日に、 ナノデバイス・バイオ融合科学研究所が 大学院先端物質科学研究科半導体集積科学専攻の研究グループと分子生命機能科学専攻の研究グループ および大学院医歯薬学総合研究科の研究グループの協力を得て学内措置で設立されました。